Dr. Elena Kinder'in (Kathleen Turner) bir teorisi vardır: ona göre bütün bebekler evrenin sırlarını bilerek doğuyorlar ve kendi aralarında bebek lisanı diyebileceğimiz gizli bir lisanla konuşuyorlar. Bu kötü ruhlu Dr. Kinder, "Babyco" adındaki şirketinin merkezinde Dr. Heep (Christopher Lloyd "Geleceğe Dönüş") ile birlikte gizli bir araştırma yürütmektedir ve bu işin sırrını çözmek üzeredirler. Çok yakında inanılmaz zenginlik ve şöhret sahibi olacaklardır. Bu inanılmaz oyunu ancak Sly ile merkezdeki diğer dahi bebekler durdurabilir.